O Centro de Formação Cnoti está protocolado com vários Centros de Formação de Associação de Escolas e outras Instituições ligadas à Formação, às Necesssidades Educativas Especiais e à Reabilitação:
| Centro de Formação de Associação de Escolas Beira Mar | http://www.cfaebm.net/ |
| Agrupamento Vertical de Escolas do Pinheiro | http://www.eb23pinheiro.com/joomla |
| Centro de Formação do SEPLEU – Sindicato de Educadores e Professores Licenciados pelas ESES e Universidades | http://www.sepleu.pt/ |
| Centro de Formação de Associação de Escolas do Alentejo Litoral | http://www.cap-alda-guerreiro.rcts.pt/ |
| Associação Educar, Reabilitar e Incluir Diferenças (ERID) | www.aerid.net |
| Associação Olhar | http://olhar.home.sapo.pt |
| Centro Clínico Face A Fase | www.faceafase.com |
| Centro de Formação de Associação de Escolas Coimbra Interior | http://www.prof2000.pt/users/cfaeci/ |
| Centro de Formação AVCOA | http://cfaeavcoa.net/start/ |
| Centro de Formação de Associação de Escolas Minerva | http://www.cfae-minerva.edu.pt/ |
| Centro de Formação de Associação de Escolas do Alentejo Litoral | http://www.capag.info/cc/ |
| Centro de Formação Dr. Rui Grácio | http://www.esjd.pt/joomla/content/blogsection/12/82/ |
| Centro de Formação de Terras de Santa Maria | http://cfterrassantamaria.com/ |
| CRTIC para a Educação Especial de Santo Onofre | http://www.ebionofre.pt/crtic/ |
| Diferenças – Centro de Desenvolvimento Infantil | www.diferencas.net |
| Escola Básica e Secundária de Albufeira | http://www.ebsa.pt/ |
| CADIN – Centro de Apoio ao Desenvolvimento Infantil | http://www.cadin.net/ |